El sistema de lagunas en la vecindad de la Zona Metropolitana de San Juan es el de mayor tamaño y complejidad en Puerto Rico, y un recurso hidrológico de gran importancia. El sistema es parte del Estuario de la Bahía de San Juan, designado como uno de los estuarios programáticos nacionales manejados por la Agencia de Protección Ambiental Federal (EPA) en cooperación con varias agencias del Gobierno de Puerto Rico. Las lagunas que comprenden el sistema incluyen a San José, La Torrecilla, Piñones y Condado. La ubicación y características principales de las lagunas se resumen en la figura y tabla siguiente.
 Recursos de Agua de Puerto Rico
LAGUNAS DEL ESTUARIO DE SAN JUAN

Es fácil imaginarse este sistema de lagunas varios siglos atrás al comenzar la colonización de Puerto Rico por España y la fundación de la ciudad de San Juan. Su tamaño y profundidades eran distintos, pues tres de las lagunas han sido dragadas en diferentes tiempos o utilizadas para descargar dragados de zonas en Santurce, Isla Grande, Rio Piedras y Piñones. Ríos y quebradas prístinas descargaban la escorrentía limpia de las cuencas que contribuyen agua al sistema. Aves, incluyendo patos silvestres, y peces de agua salada y salobre abundaban en las lagunas. Bosques densos de mangles y otras especies de plantas típicas de humedales sumergidos abundaban en la periferia de las lagunas y en parte de sus extensiones más llanas. Agua subterránea del acuífero calizo bajo las capas de sedimentos marinos al sur de San Juan alimentaba agua fresca a las lagunas, contribuyendo a un equilibrio dinámico de salinidad, alterado periódicamente por las marejadas que azotaban la costa norte, las cuales impulsan grandes cantidades de agua salada hacia las lagunas. Las crecientes periódicas del Río Grande de Loíza inundaban el Bosque de Piñones y la Laguna Piñones, reduciendo la salinidad en la laguna. El desarrollo no-planificado de San Juan destruyo este hermoso equilibrio, resultando en la contaminación de las aguas y sedimentos del sistema, la destrucción de segmentos significativos de los humedales y manglares que las rodeaban, y la alteración de su sistema hidrológico de flujos y reflujos refinado por los siglos.

Las lagunas San José, La Torrecilla y Piñones están hidráulicamente conectadas entre sí por un sistema de canales naturales y artificiales, mientras que San José y Piñones tienen conexiones al mar. La Laguna del Condado está conectada al Atlántico y a la Bahía de San Juan, pero no tiene conexiones con las otras lagunas.
  • Laguna San José, la de mayor extensión y volumen en el sistema, está conectada a la Bahía de San Juan por el Canal de Martín Peña, y a la Laguna Torrecillas por el Canal Suárez. La sección noroeste de la laguna es referida como la Laguna Los Corozos, porque a principios del Siglo 20 se construyó un dique separándola temporalmente del resto de San José, lo cual ya no existe. La laguna recibe la escorrentía de las quebradas Juan Méndez y San Antón. Los estudios del USGS establecen que sectores del Acuífero Superior de la Región Norte descargan agua subterránea directamente a San José. Sectores de la laguna fueron dragados en varias ocasiones a profundidades de hasta 11 metros, impactando la recirculación del agua.
  • Laguna La Torrecilla, es la segunda en extensión y volumen, y la más compleja del sistema, conectada a San José por el Canal Suárez y a la Laguna Piñones por el Canal de Piñones, además de conectarse al Atlántico por la Boca de Cangrejos. La Quebrada y Canal Blasina descarga a La Torrecilla, quien también recibe agua subterránea del sistema de humedales que la rodea. Dragados frecuentes de la laguna aumentaron su volumen a probablemente 2.8 veces el original. 
  • Laguna De Piñones ubica en el corazón del Bosque Estatal de Piñones, conectada solamente a La Torrecilla mediante el Canal de Piñones. Hidrológicamente es una depresión en el humedal de mangles del Bosque de Piñones, recibiendo influjo del agua subterránea y escorrentía dispersa que proviene del sur de la zona. Durante inundaciones mayores en el Río Grande de Loíza, aguas desbordadas de su cauce inundan sectores del Bosque de Piñones eventualmente fluyendo hasta la laguna. 
  • Laguna Del Condado, en el centro del sector turístico del Condado, es la más pequeña del sistema, conectada a la Bahía de San Juan por el Canal San Antonio y al Atlántico en la apertura bajo el Puente Dos Hermanos en su parte oeste. Su fuente de agua es escorrentía urbana dispersa y aguas subterráneas.


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