Los recursos de agua subterráneos en el Valle de Lajas (VL) no son abundantes y generalmente de calidad pobre, lo que limita su uso para riego, abasto público y usos industriales-comerciales. La geología y la fisiografía del valle se combinan en acuíferos pequeños y con capacidades menores de almacenaje y transmisión de agua. La escasa lluvia sobre el VL limita la capacidad de infiltración a los acuíferos, y las temperaturas altas contribuyen a tasas de evapotranspiración potencial (Etp) que exceden la lluvia actual. Aún así, desde el siglo 19 se han hicado cientos de pozos en el VL, y se extraen cantidades moderadas de agua para abasto público y riego. El abasto público y el riego agrícola dependen casi totalmente en el agua que provee el Proyecto del Suroeste a través del Distrito de Riego del Valle de Lajas (DRVL), según descrito en las dos páginas anteriores.

​La geología del VL es relativamente simple y provee las condiciones físicas para que los abastos de agua subterránea sean limitados y generalmente con un alto contenido de sales. En la superficie central del VL propio predomina aluvión fino mezclado con barro, el que se torna un poco más grueso hacia el sureste, en la zona baja donde anteriormente existía la Ciénaga de Anegada (drenada como parte de las obras del DRVL conjuntamente con la Laguna de Guánica). Anderson (USGS, 1977) postuló que el VL es una depresión ocasionada por fallas en la zona, varias de las cuales cruzan el valle, algunas activas y con capacidad sísmica según los estudios de Prentice and Mann (GSA, 2010) y de Roig-Silva (UPR-RUM, Tesis 2010). Rocas de origen volcánico, volcanoclásticas, plutónicas e ígneas predominan en la periferia del valle y en las colinas que lo encierran. Hacia el noreste y norte remanentes de rocas calizas Terciarias y del Cretaceo afloran o se encuentran bajo el aluvión. La combinación del aluvión y las rocas calizas forman el acuífero más productivo en el VL. La geología general del VL se ilustra en la siguiente figura modificada del estudio de los recursos de agua subterránea en el VL llevado a cabo en el 1989 por el USGSs (Graves, WRI 89-4182).
 RECURSOS DE AGUA DE PUERTO RICO
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HIDROLOGIA DEL VALLE DE LAJAS, P. 3 
El mapa geológico arriba incluye una sección A-A' de oeste a este desarrollada por Graves (1989) utilizando como ancla varios de los pozos en el VL. Los datos del perfil horizontal de los pozos (la estratigrafía) al perforarlos se utilizó para generar una sección vertical a lo largo del tramo A-A'. que define los horizontes geológicos bajo la superficie hasta el fondo de cada uno de los cuatro pozos utilizados en el análisis. La sección vertical se ilustra en la siguiente figura, modificada en apariencia del informe de Graves.
La sección estratigráfica del informe de Graves (1989) ilustra que los depósitos más profundos de aluvión aumentan en profundidad de oeste a este, respondiendo al proceso deposicional descrito por Anderson (1977) con acumulación de materiales finos hacia el sureste en dirección al área que ocupaba la Ciénaga El Anegado y la Laguna de Guánica. El espesor máximo del aluvión es de aproximadamente 275 pies (84 m). Bajo el aluvión se observan las rocas sedimentarias calizas que afloran hacia el noreste del VL en la Formación Cotuí. El informe de Anderson también describe que el aluvión se extingue hacia las colinas en ambos lados del valle. Es en esta zona del aluvión y las rocas calizas donde se extraen cantidades moderadas de agua en el VL.
Como se indicara anteriormente, un gran número de pozos se han hincado a través del tiempo en el Valle de Lajas.  Varios inventarios de los pozos activos e inactivos se han llevado a cabo por el USGS, y más recientemente (2004) por el Departamento de Ciencias Agrícolas del Recinto Universitario de Mayaguez (RUM) para el Departamento de Recursos Naturales y Ambientales (DRNA).  Los datos de este inventario se ilustran en la siguiente figura, donde los círculos amarillos son los pozos históricos y los azules principalmente hacia el este y noreste del VL, son los pozos que opera la AAA. La mayor parte de estos pozos son domésticos no mayores de 10-15 galones por minuto (gpm), y una gran parte fueron cerrados debido a las altas concentraciones de cloruros en el agua.  Este factor de salinidad fue responsable de que durante la primera mitad del siglo 20, cuando se cosechaba caña de azúcar en el VL mediante riego intensivo con agua subterránea, grandes cantidades de sales se acumularon en los suelos resultando en tornarlos no-aptos para cultivos. 
En el 2007, como parte de un estudio de optimización del Proyecto del Suroeste llevado a cabo por la empresa CSA Group para la AAA, se completó un nuevo inventario de los pozos agrícolas de importancia y los de la AAA.  Los pozos identificados en este inventario se ilustran en la siguiente figura (círculos rojos pozos agrícolas y amarillos los pozos de la AAA). Como puede apreciarse, la mayor parte de los pozos de la AAA ubican hacia el este del VL, mientras que los agrícolas se concentran en la parte central-este, donde el aluvión es más profundo.
El informe sobre Uso de Agua en Puerto Rico en el 2005 publicado por el USGS estima las extracciones totales de agua subterránea en el Valle de Lajas en aproximadamente 9.6 mgd.  Los pozos de la AAA extrajeron en el 2010 aproximadamente 6.8 mgd, mientras que las extracciones agrícolas se estiman en 2.8 mgd.  En comparación, el Distrito de Riego del Valle de Lajas recibió un promedio diario de 16 mgd del Proyecto del Suroeste. La AAA recibió un promedio de 10 mgd del DRVL para abastecer sus plantas de filtración en Guánica, Sabana Grande, Lajas y San Germán. 
POZOS AGRICOLAS (ROJO) Y DE LA AAA (AMARILLO) EN EL VALLE DE LAJAS EN EL 2007
POZOS ACTIVOS E INACTIVOS EN EL VALLE DE LAJAS EN EL 2004

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