El régimen hidrológico y bioquímico de las lagunas de San Juan ha sufrido cambios significativos debido a dragados y alteraciones en sus sistemas de desagüe natural. A continuación se documentan estos dragados o cambios en las cuatro lagunas del sistema, basados en los estudios del USGS en la década de los 1970 y 1980 (Ellis and others, 1974 y 1976; Gomez and others, 1982):
  • Laguna Del Condado: La Laguna del Condado ha sido alterada desde antes de 1625, cuando dos pequeñas islas existían cerca de su boca al Atlántico. La entrada fue parcialmente bloqueada en 1797 como una barrera defensiva para impedir la entrada de botes de fuerzas invasoras. La construcción de los puentes San Antonio y Dos Hermanos en 1900 contribuyeron a reducir el flujo del mar a la laguna, ya que los asientos del puente requirieron rellenos significativos. El Puente Dos Hermanos se expandió en 1920, dividiendo la laguna en dos segmentos, reduciendo se área efectiva de aproximadamente 125 a 78 cuerdas. Al construirse la Avenida Baldorioty en los 1950’s se rellenaron varias cuerdas de la parte sur de la laguna para acomodar carriles adicionales. El desarrollo a principios de los 1960’s de hoteles en la vecindad del Puente Dos Hermanos resultó en el relleno de segmentos de la parte norte, resultando en la forma y área presente de la laguna. Durante varias décadas, descargas sanitarias de pozos sépticos e interceptores ilegales fluían a la Laguna Condado, resultando en concentraciones elevadas de bacterias fecales. La eliminación de estas descargas en los 1970’s y el dragado del Canal San Antonio han mejorado el reflujo de la laguna desde el Atlántico hacia la Bahía de San Juan, y su condición, aunque no prístina, cumple con los estándares de la JCA para aguas superficiales y es la mejor entre las cuatro lagunas. 
  • Laguna La Torrecilla: La Laguna La Torrecilla también ha sufrido extensos dragados que han alterado su forma, área, volumen y balance hidráulico. En 1950 el puente en Boca de Cangrejos fue ampliado requiriendo alterar el canal que conecta la laguna con el Atlántico, incluyendo su profundidad. En 1951 el extremo oeste de la laguna fue rellenado como parte de las obras de expansión del Aeropuerto Internacional. En 1962 el canal de salida al Atlántico fue ensanchado y ahondado para acomodar la navegación de botes desde la Marina de Boca Cangrejos, cuya construcción requirió dragar parte de la orilla oeste de la laguna. A la misma vez se dragó parte de la orilla sur como parte del proyecto residencial Vistamar Marina. Nuevos dragados ocurrieron en 1967 al completarse Vistamar Marina rellenando el humedal adyacente a la laguna con material dragado de la misma laguna, creando bolsillos de hasta 12 metros de profundidad. A la misma vez el Canal Suárez fue ensanchado y profundizado para acomodar botes de mayor calado. Una segunda marina fue excavada del humedal al oeste de la Carretera 26. Parte del material dragado fue usado como relleno en el aeropuerto. Otro dragado al suroeste en el 1967 produjo bolsillos de hasta 16 metros de profundidad. La parte de la Quebrada Blasina que descargaba a la laguna fue dragada a la misma vez produciendo el Canal Blasina desde la Carretera PR-3 hasta la laguna. También en 1967 un canal de navegación fue dragado desde Boca Cangrejos hasta Vistamar Marina, y en 1968 se dragó la parte este a una profundidad de 18 metros, incluyendo la remoción de zonas de mangles. Todos estos dragados han resultado en la extracción de aproximadamente 3.1 millones de metros cúbicos de material de La Torrecilla, aumentando su profundidad promedio de una original de 1.5 metros a un promedio actual 2.5 metros.
  • Laguna San José: La Laguna San José también experimentó una serie de dragados que han alterado su volumen y la circulación del agua y su calidad. El perímetro de la laguna no ha sido alterado significativamente desde 1800. Para esa época un canal de desagüe hacia el Atlántico controlaba el volumen de la laguna, además del dragado del Canal Suárez hasta la Laguna La Torrecilla, para transportar en botes mercaderías desde Loíza hasta San Juan. Dragados varios ocurrieron en 1951, 1962, 1967, y 1971, incluyendo las áreas donde ahora ubica Laguna Gardens, rellenadas con material dragado de San José. En 1951 se dragó un canal de desagüe desde el Aeropuerto Internacional. El punto de descarga de la Quebrada San Antón a San José fue dragado hasta 11 metros. A la misma vez el Canal Suárez fue ensanchado y ahondado, removiendo casi 50 cuerdas de manglares. El dragado final en 1971 incluyó cinco cuerdas en la vecindad de la Península Cantera, dragado en un bolsillo de 9 metros de profundidad rodeado de zonas de solo 2.5 metros de profundidad, para extraer material usado en el relleno del predio del Caserío San José. En total, el 17 % de Laguna San José ha sido dragada, removiendo cerca de 3 millones de metros cúbicos de material, y aumentando su volumen original en un 30 %. Estos dragados, principalmente al ensanchar y ahondar los canales Martín Peña y Suárez, alteraron la dirección y magnitud de los reflujos de entrada y salida a San José. Anteriormente, Martín Peña era el canal principal que drenaba agua de San José hacia la Bahía de San Juan. Al agrandarse la capacidad del Canal Suárez, parte de ese reflujo se almacena temporalmente en La Torrecilla, agua que revierte a San José al bajar el nivel de mareas y agua. Este tiene el efecto de aumentar el tiempo real que un volumen de agua permanece en la laguna. Los bolsillos creados por los dragados profundos son lugares anaeróbicos donde se almacena agua salina y donde el oxígeno disuelto es consumido rápidamente debido a la falta de circulación de aguas nuevas saturadas con oxígeno por el viento.
  • Laguna De Piñones: La Laguna de Piñones ha sufrido el menor impacto entre las cuatro lagunas, permaneciendo al presente aproximadamente en su forma original, excepto por el avance lento de los sistemas de humedales de mangles que la rodean. Sin embargo, su equilibrio hidrológico ha sido afectado por dos factores: cambios en los sistemas de circulación con La Torrecilla debido a los dragados y canales en esta laguna, y reducciones en la magnitud de las inundaciones en el Río Grande de Loíza debido al Embalse Loíza, que reduce la magnitud de los picos de las inundaciones, afectando la cantidad de agua que puede fluir hacia Piñones.

La condición general de la calidad del agua y sedimentos en San José, Torrecillas y Piñones es pobre, degradándose durante el siglo 20 como resultado de descargas sanitarias y escorrentía urbana contaminada. Estudios del USGS (Webb y otros, 1982). establecen lo siguiente:
  • La calidad del agua en las tres lagunas es generalmente pobre, debido a las descargas urbanas conteniendo nutrientes, materia fecal, y productos orgánicos sintéticos. En los bolsillos profundos de San José, Torrecillas y Condado, aguas salinas se acumulan y el oxígeno disuelto se consume sin renovarse, resultando en zonas significativas anaeróbicas en las tres lagunas. La salinidad de las lagunas probablemente ha aumentado debido al ensanchamiento y aumento en profundidad de los canales que las conectan al Atlántico y la Bahía de San Juan. Estos dragados en estos canales también cambiaron el balance hidráulico del sistema, alterando el tiempo de residencia del agua, lo que aparenta tener un efecto multiplicador en la calidad del agua, particularmente en la oxigenación. Las áreas más contaminadas son el Caño de Martín Peña y la Laguna San José.
  • Los sedimentos de las tres lagunas y los canales de Martín Peña y Suárez contienen residuos de compuestos orgánicos tóxicos, incluyendo PCB’s (provenientes de transformadores, lubricantes y aisladores eléctricos); dieldrin (residuos de pesticidas agrícolas); y metales pesados, incluyendo a plomo (Pb) y mercurio (Hg). Estos contaminantes exhiben concentraciones que exceden las normas de la JCA para aguas superficiales (categoría SC). Entre 1945 y 1975, en los sedimentos en el Canal de Martín Peña las concentraciones de estos contaminantes aumentaron entre 30 a 50 veces (plomo de 30 a 745 µg/g; mercurio de 0.16 a 4.7 µg/g; y PCB's de 12 a 450 µg/kg. DDT, utilizado desde los 1940's hasta los 1960's, disminuyó de 46 a 15 µg/kg (suma of DDT, DDD, and DDE) entre 1950 a 1975, al prohibirse su uso.
  • La tendencia histórica es que la calidad del agua en las lagunas ha mejorado con el tiempo desde 1985. Esto se debe al control de descargas industriales, eliminación del Plomo en la gasolina, y desvío a la planta regional sanitaria de Puerto Nuevo de las aguas sanitarias que anteriormente descargaban a la Quebrada Blasina y a la Bahía de San Juan. 5.La calidad de los sedimentos en las lagunas no aparenta haber mejorado. Además, el desarrollo urbano en la cuenca del Río Piedras, que descarga a la Bahía de San Juan, ha contribuido a aumentar las concentraciones de nutrientes (nitrógeno (N) y fósforo (P)) en la escorrentía.

El programa del Estuario de la Bahía de San Juan tiene como meta final la rehabilitación del sistema de lagunas de la zona. La iniciativa principal requerirá el dragado y disposición adecuada de los sedimentos contaminados en los canales y lagunas, primordialmente en el Caño de Martín Peña. El programa calibró un modelo matemático del sistema hidráulico de San José, Piñones y Torrecilla, el cual se ha utilizado para evaluar un sistema de compuertas en los canales de desagüe que controle los flujos de agua para optimizar su tiempo de residencia y mejorar la calidad del agua. El régimen de flujo tendrá que alterarse para promover mejor circulación que oxigene las aguas y contribuya a reducir las concentraciones de nutrientes. La calidad del agua no podrá seguir mejorando hasta tanto se reduzcan las descargas de aguas sanitarias dispersas provenientes de pozos sépticos en la zonas de la Península de Cantera y en los barrios ubicados en las cabeceras de las quebradas que fluyen a las lagunas San José y La Torrecilla. Esto requerirá inversiones sustanciales de parte del Gobierno. Pulse los links siguientes para conectarse al Programa del Estuario de la Bahía de San Juan, o para abrir y bajar las referencias utilizadas en este escrito.





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 Recursos de Agua de Puerto Rico
LAGUNAS DEL ESTUARIO DE SAN JUAN, página 3




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